病原學檢查是診斷感染性疾病最準確、最有效的方法。但由于病原微生物種類繁多，體積微小，培養困難，加之取材和檢查方法等問題，使得臨床微生物檢驗質量受到很大影響，從而直接影響感染性疾病的有效治療。現僅從以下3個方面加以分析，以引起注意。
1、檢驗人員的科技素質及與臨床醫生配合
臨床微生物檢驗多依靠形態學和生理學的生化反應，每一步驟均需要有較強的判斷能力。雖然也有一些自動化儀器可以使用，但和臨床檢驗、生化檢驗相比，檢驗人員的基礎知識、個人經驗顯得更為重要，可以直接影響檢驗結果的準確性。因此，檢驗人員必須經常閱讀有關資料，不斷地進行專業知識和技術的更新，提高個人理論水平和改進操作技術。基層醫院微生物檢驗人員素質普遍偏低，市級醫院相對較好。但個別醫院存在檢驗科各部門人員輪換情況；有的檢驗人員因懼怕標本的傳染性而不愿從事這項工作，思想不穩定，缺乏責任心。這些都不利于檢驗人員科技素質的提高。因此建議各院領導要重視臨床微生物檢驗工作。提高它在臨床檢驗中的地位。選派專業思想穩定、責任心強、技術過硬的人員從事這項工作 。制定培訓計劃，加強對檢驗人員專業能力的培訓。另一值得注意的是。檢驗人員常和臨床脫離，和臨床醫生及患者聯系少。這對檢驗方案的合理設計是非常不利的。如果檢驗人員到臨床了解患者病情以及用藥治療情況，就能綜合分析設計出合理的方案，少走彎路。得出正確的檢驗結果。因此建議檢驗人員要走出檢驗室，到病房多和臨床醫生及患者接觸。隨醫生查房，為檢驗方案設計收集有價值資料。
2 標本質量
正確采集、運送和處理標本，對提高檢出率是至關重要的。否則后面的檢驗過程無論怎樣準確無誤都是徒勞的。現在大多數醫院微生物檢驗標本是由臨床醫生采集，有些標本是由患者自己采集。這方面問題較大的是尿液和痰液標本。采集尿液因多用中段尿采集法，醫生常讓患者不經無菌操作自行收集中段尿，故常將外尿道的常居菌帶入。造成標本嚴重污染。據測試，經嚴格無菌操作收集的尿液和不經清洗、消毒處理，由患者自行收集的尿液相比，其檢驗結果準確率相差很大，盡管有一些方法能鑒別出致病菌和污染菌，但常常也會導致錯誤的結果。對于痰液標本 ，常由于臨床醫生缺少必要的指導，得到的痰標本常常有一定量的氣管、咽喉及口腔常居菌，甚至有的根本沒有下呼吸道的成分。在培養前很多檢驗室又不做標本質量評價，結果致病菌和常居菌混淆，造成誤檢。其他標本，由于臨床醫生操作技術的原因。也存在一定質量問題。比較常見的是采集厭氧菌培養標本，正常要求采集人員既要知道哪些標本適于作厭氧培養，更要懂得標本的正確采集和運送方法。影響標本質量的另一問題是采集時間。常規要求應在用藥之前采集標本。對于已用藥又不能中止的患者，應在下次用藥之前采集，而且需將標本接種在含有藥物中和劑的培養基中培養。采發熱患者血液標本，應在體溫上升期采血，尤其是間歇性菌血癥患者更應如此。但實踐中發現，多數患者在作微生物檢驗之前已用過藥，而檢驗人員并不去了解仍按常規方法采集標本和設計方案。對于茵血癥患者有的也不考慮采集時間問題。這些勢必造成漏檢。直接影響檢驗質量。因此建議檢驗人員和臨床醫生要加強聯系，相互配合，選擇合適的方法和時間采集到高質量的標本。
3 檢驗方案設計
在臨床微生物檢驗中，檢驗方案的設計是非常重要的，它直接影響檢出率的高低。如結核桿菌形態學檢查使用的染色法，熒光染色法的陽性率比萋一納二氏抗酸染色法高10～3O倍，尤其對用過胺硫脲治療的患者。據資料介紹，有人用熒光法檢查多次萋一納二氏染色陰性的痰標本，其陽性率達13．5％。又如直接涂片檢查法和集菌檢查法相比，后者的檢出率明顯高于前者。但據調查，目前多數檢驗室在結核桿菌檢查上還是采用直接涂片和抗酸染色法。在培養檢查上，標本的前處理和培養基選擇對目的菌的檢出很重要。對痰、尿等臨床標本進行必要的前處理可除去污染的雜菌，能明顯提高陽性檢出率。在培養基選擇上，要注意培養基成分對目的菌的抑制。因為常規培養使用的培養基種類有限，而引起感染的病原菌種類較多，有些在所用培養基中是不生長的。例如為了抑制血清中殺菌物質，在血培養所用的培養基中常加入聚茴香腦磺酸鈉。但這種物質對淋球菌是有毒性的。所以對疑是淋球菌引起的敗血癥患者進行血培養時就不能選用含這種物質的培養基。再比如，對腹瀉患者取糞便分離培養時常規所用的是伊紅美藍瓊脂和SS瓊脂平板。腸桿菌科細菌能被選擇出來。但弧菌科有些細菌，如副溶血性弧菌、河弧菌，因其有嗜鹽性在這2種培養基上多不生長。如果對類細菌仍用常規培養基分離培養，其結果自然是造成漏檢。再有為了提高檢出率，在選擇培養基中加入抗生素來抑制非目的菌，但由于細菌對藥物的敏感 性常發生變異，有時目的菌對加入的藥物也變得敏感，這時它就會被抑制而不生長。為了解決培養基選擇不合適而造成漏檢問題，建議在培養前要作培養基性能試驗，對培養基質量進行控制。而這方面工作在一些檢驗室常被忽視。在培養方法上，有些標本的厭氧培養已作為常規培養要求，但多數檢驗室厭氧培養開展還存在一定差距，所以臨床檢驗中厭氧茵檢出還受到條件和技術等影響。
目前臨床微生物檢驗質量還不高 ，影響因素較多、較復雜。但如果能從上述 3個方面加以重視、不斷探索，臨床微生物檢驗質量一定會有所提高 。